Zaparcie jest dlatego trudne do wyleczenia, że ma różne przyczyny, czasem wiele przyczyn równocześnie, a wszystkie trzeba usunąć, żeby zaparcie nie nawracało się po zaniechaniu środków objawowych.
Przyczyną pierwszą jest niedomoga wątroby, co charakteryzuje się niedostatecznym wydzielaniem żółci, przez tę watrobę produkowanej, a żółć już w dwunastnicy rozwalnia masy trawione.