Błona śluzowa żołądka chroni go przed infekcjami. Sok żołądkowy o prawidłowym składzie ma duże zdolności bakteriobójcze, wynikające z działania kwasu solnego (a nie enzymów). Podczas gorączki zmniejsza się wydzielanie kwasu solnego.
Wysoka temperatura może spowodować skłonność do zakażeń przewodu pokarmowego. Chorobotwórcze drobnoustroje wykazują zmienną wrażliwość na kwas solny. Poza tym są one chronione przed działaniem kwasu przez masy pokarmowe i rozcieńczenie soku żołądkowego (duża ilość wypijanej wody). Nadmierne wydzielanie wolnego kwasu solnego w żołądku (nadkwasowość żołądka) jest jednym z najczęstszych objawów chorobowych żołądka. Przyczyna nadmiernego wydzielania wolnego kwasu solnego ściśle związana jest z wytworzeniem wrzodu trawiennego żołądka. Niedokwaśność soku żołądkowego, a w niektórych przypadkach brak wolnego kwasu solnego, wskazuje przede wszystkim na proces zanikowy błony śluzowej żołądka, niezależnie od tego, czy chodzi o prosty nieżyt zanikowy, czy o rozwijający się nowotwór złośliwy (rak żołądka). Trzy główne schorzenia żołądka to: nieżyt (zapalenie błony śluzowej żołądka), wrzód trawienny i rak żołądka.